Die heute im alten Kirchenschiff der Meller Matthäus-Kirche stehende Orgel ist das größte historische Instrument des Bistums Osnabrück. Gebaut wurde diese Orgel 1713 durch ein Mitglied der in Herford ansässigen Orgelbaufamilie Klausing für die Dominikanerkirche in Osnabrück. Sie besaß ursprünglich zwei Manualwerke (17 Register) und ein angehängtes Pedal. Bereits 1725 wurde die Orgel innerhalb der Dominikanerkirche verlegt. Veränderungen an der Substanz sind nicht bekannt. Man weiß aber, dass die Orgel auf einem Lettner zwischen dem Chor und dem Langschiff gestanden hat. Dabei war das Hauptwerk zum Langschiff ausgerichtet. Die Rückseite war scheinbar offen, was die noch vorhandenen Türen in der Rückwand mit Schnitzereien und den Buchstaben SM (Sancta Maria) und SD (Sanctus Domenicus) belegen.

1819 wurde die Orgel im Rahmen der Säkularisierung als Geschenk des Weihbischofs Carl Clemens Reichsfreiherr von Gruben nach Melle transferiert, wobei ein Register aus dieser Orgel in die Orgel in St. Johann Osnabrück gelangte. In der Klausing-Orgel findet sich wenig später ein anderes Register, das von dem Orgelbauer stammen könnte, der die Verlegung vorgenommen hatte.

1833 erfolgte eine Überholung durch den Quakenbrücker Orgelbauer A. F. Schmidt. 1855 machte ein Orgelbau aus Wiedenbrück einen Kostenvoranschlag, der Veränderungen am Instrument vorschlug und gleichzeitig einen ziemlich genauen Zustandsbericht lieferte. Die Vorschläge wurden aber nicht umgesetzt, wahrscheinlich aus Geldmangel. Der Orgelbauer Kersting aus Münster erhielt einen neuen Auftrag, dessen Arbeiten aus einem eher spärlichen Abnahmegutachten von 1861 hervorgehen: Modifikation an der Disposition, Erneuerung der Sprungladen durch Schleifladen und Erweiterung des Instrumentes durch ein neues Pedalwerk. 1864 folgte eine Reparatur durch Carl Krämer aus Osnabrück (Balgreparatur und Reparatur an einigen Pfeifen, u. a. Posaune). Orgelbauer A. Großjohann (Brockhagen) erweiterte die Orgel 1871 um die Register Oboe und Salicional im Positiv. 1875 führte er eine Balgreparatur durch. C. Haupt (Ostercappeln) baute 1877 schließlich eine neue Balganlage ein. Aus dem Jahr 1881 gibt es zwei Kostenanschläge für Reparaturen von Rohlfing (Osnabrück und Carl Haupt. 1917 musste einige Prospekt¬pfeifen zu Kriegszwecken abgeliefert werden.

1928 lieferte Haupt eine neue Trompete 8’ im Manual, Oboe 8’ im Positiv und Posaune 16’ im Pedal. Auch eine elektrische Windmaschine wurde eingearbeitet.

Den einschneidendsten Ein¬griff erfuhr die Meller Orgel im Jahr 1964, als die Orgel-bauwerkstatt Franz Breil (Dorsten) ein neues Orgelwerk unter Wiederverwendung des historischen Gehäuses und etlicher Register durchführte. Die alten Klaviaturen wurden ersetzt, aber aufbewahrt.

In den Jahren 2008/09 führte die Orgelbauwerkstatt Hendrik Ahrend aus Leer-Loga eine umfassende Restaurierung der wertvollen Klausing-Orgel durch. Dabei waren folgende Leitlinien ausschlaggebend: 1. Technische Sanierung unter orgelhistorischen und denkmalpflegerischen Gesichtspunkten mit Rekonstruktion der Manualspringladen und der ursprünglichen Balganlage; 2. Sicherung der wertvollen historischen Pfeifensubstanz; 3. stilistische und klanglich adäquatere Annäherung an die Ursprungssituation des Instruments; 4. Wiederherstellung der ursprünglichen Stimmtonhöhe und Einstimmung der Orgel nach historischer Temperatur sowie 5. Sicherung und fachliche Restaurierung des Orgelgehäuses mitsamt des filigranen Schleier- und Schnitzwerks. Mit der gelungenen Arbeit der Werkstatt Ahrend kann die Meller Orgel nun als herausragendes Beispiel westfälischen Baroclorgelbaus wieder in neuem Glanz erstrahlen.

Der Aufbau der Manualwerke lässt sich im barocken Gehäuse, das in die obere Emporenbrüstung eingebaut ist, gut ablesen. Das Pedalwerk (von Ahrend neu hinzugefügt) steht hinter dem Hauptgehäuse. Auf der linken Seite ist die Spielanlage eingebaut. Die Registerzüge sind rings um das Notenpult angeordnet.

Die Orgel hat vollmechanische Trakturen, in den Manualwerken Springladen und im Pedal Schleiflade. Die Stimmtonhöhe liegt bei a¹ = 465 Hz, die Stimmung ist die sog. „Norden-Stimmung“ (1/5 pythagoreisches Komma), der Winddruck liegt bei 68 mmWS.