Über die Existenz von Orgeln in den Vorgängerkirchen gibt es keinerlei Unterlagen. Es ist nur bekannt, dass 1713 der Orgelbauer Tobias Meissner (Großdorf) offenbar für die Übertragung der Orgel aus der alten Kirche bezahlt wurde. Derselbe Orgelbauer errichtete 1725 in der Basilika eine neue Orgel. Es ist anzunehmen, dass Meissner Autodidakt war. Daher überrascht die perfekte bildnerische und ganz untraditionelle Architektur des Orgelprospektes, wie ihn überhaupt keine vergleichbare andere Orgel in den böhmischen Ländern besitzt. Betrachtet man die im Orgelbau unübliche Konstruktion (z. B. Drehung aller Pfeifenfelder zur Wand der Kirche, auf Höhe der Prospektpfeifen stumme, unnormal breite Pfeifen, Grundriss in Form eines Kreisausschnittes, in dem die Windkanäle untergebracht sind, usw.), ist es anzunehmen, dass dieses Gehäuse von keinem Orgelbauer entworfen worden sein muss. Darüber hinaus wurde im Inneren der Orgel das Fragment einer Inschrift gefunden, worin sich wahrscheinlich der Orgelbauer über den nicht ausreichenden Platz beschwert. Bedenket man, dass Kilian Ignaz Dientzenhofer für diese Kirche die Architektur des Hochaltares entworfen hat, und dass nach seinen Vorlagen auch alle Seitenaltäre in der Basilika gemalt wurden, kann man annehmen, dass er der Schöpfer dieses imposanten Orgelprospektes ist.

Weil der Kirchbau sich in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts setzte und ein großer Riss auf der Westseite der Kirche auftrat, musste das große Fenster in dieser Wand zugemauert werden. Wegen des unschönen Anblicks wurde danach unter den mächtigen Bogen, der die beiden großen Orgelschränke verbindet, der obere Teil des Rokokoschranks einer aufgelassenen Orgel aufgestellt, um hier als bloße Kulisse zu dienen. Vielleicht kam es bei dieser Gelegenheit auch um 1752/72 zur Klangerweiterung der Orgel um das Rokoko-Positiv im Geländer des Chores, möglicherweise durch Jan Mártl (Prag).

Es war guter Brauch, die Reparaturen der Orgel durch Einträge direkt auf der Innenseite des Orgelschrankes zu dokumentieren. Auch auf dieser Orgel finden wir einige Einträge, von denen einer in deutscher Sprache besonders kurios ist. Der Geselle, der die Reparatur der Orgel im September 1877 durchgeführt hat, schüttet darin einem Mädchen namens Anna sein Herz aus, mit den Worten: „27. September … morgen fahre ich … gerade habe ich den Beginn eines neuen Glücks gefunden … niemals war ich so glücklich.“

Die barocke Orgel wurde 1896 durch ein neues Instrument der Firma Heinrich Schiffner ersetzt, die damals in der ehemaligen Klosterbrauerei ihre Werkstatt hatte. Von der alten Orgel wurden lediglich einige Pfeifen verwendet, und weil es sich um eine umfangreichere Konstruktion handelte, musste der gesamte hintere Teil des Orgelschrankes abgeschnitten und mit provisorischen Pfeilern gestützt werden. Die neue Orgel war jedoch nicht sehr zuverlässig, und die Bemühungen, sie zu reparieren oder ggf. zu erweitern, wurden bereits im Nachkriegsjahr 1947 laut. In den folgenden Jahren gab es eine Fülle von Vorschlägen, die jedoch wegen mangelnder finanzieller Mittel nicht verwirklicht wurden.

Der größte Schlag für die Orgel war die in den 1960er Jahren laufende archäologische Untersuchung in der Kirche bei der Ausgrabung der romanischen Krypta. Weil sich der Zustand der Orgel bis zu einem kritischen Stadium verschlechtert hatte, wurde ein Orgelbauer angesprochen, der 1977 den Umbau begann. Grund für seine Wahl waren die niedrigeren Kosten als bei einer anderen Orgelbaufirma. Die Arbeiten fanden jedoch in seiner Freizeit statt und schritten nicht wie erwartet voran. Praktisch wurde nur die erste Etappe ordentlich durchgeführt, in der die Bestandteile der bestehenden Orgel, die nicht weiter verwendet werden sollten, vom Orgelbauer zerschnitten und zerstört wurden. Weil auch nach zehn Jahren auf der zu reparierenden Orgel nahezu kein Fortschritt erkennbar war, kam es zur Beendigung seiner Tätigkeit. Einen Teil der finanziellen Mittel, die ausgezahlt worden sind, hat der Orgelbauer zurückgegeben, und weitere Verhandlungen wurden durch seinen Tod verhindert.

Nach 1989 keimten wieder Bestrebungen über die Erneuerung der Orgel in der Basilika auf. Auch ausländische Firmen wurden angesprochen. Aber alles scheiterte an den finanziellen Mitteln, die vorzugsweise in die Erneuerung des heruntergekommenen Klosterkomplexes wanderten. Der anfängliche Zeitabschnitt wurde intensiven Untersuchungen der Architektur des Orgelprospektes und dem Neuentwurf der Orgel gewidmet, der das Besondere des Orgelgehäuses beachten sollte. Angesichts eines so außergewöhnlichen Entwurfs wurde entschieden, dass alles sich dem ursprünglichen Dientzenhoferschen Konzept unterordnen sollte. Daher entschloss man sich für die Erneuerung des Westfensters, für die Abnahme der später hinzugefügten mittleren Rokokoarbeiten und die Rekonstruktion der hinteren Orgelgehäuseteile. Von der klanglichen Seite wurde entschieden, dass man keine „Universalorgel“ haben wollte, sondern der Klang sollte sich den Barockorgeln im Gebiet Schlesiens annähern, woher der Orgelbauer Tobias Meissner gekommen war. Mit der Ausführung wurde die Orgelbauwerkstatt Kánský & Brachtl aus Krnov beauftragt.

Nach zehnjähriger Bauzeit konnte die neue Orgel dank der Unterstützung durch den Stadtteil Prag 6, den Verband der Břevnover Gewerbe und Unternehmer, das Kulturministerium und viele weitere Spender und Sponsoren im Jubiläumsjahr zur hundertjährigen Erhebung der Gemeinde Břevnov zur Stadt feierlich eingeweiht werden. Seit dem 30. September 2007 ist in der Basilika die neue Orgel wieder zu hören.

Die Prospektregister Principal 8’ (HW und Solomanual) sind von 1725; auch der sehr durchdringende Major Bass 16’ und die 6’-Reihe des Pedalcornets sind alt. Der Subbass von 1725 musste infolge des schlechten Zustandes durch eine Kopie ersetzt werden

Der Spieltisch ist freistehend zwischen Hauptgehäuse und Brüstungspositiv aufgestellt. Alle Trakturen sind vollmechanisch, die Windladen sind als Schleifladen gebaut. Die Registerzüge befinden sich links und rechts neben den jeweiligen Manualen; dabei sind auf der linken Seite die Principal- und Zungenregister, rechts die Flöten, Streicher und Koppeln angeordnet. Die Zuordnung zu den Manualen ist durch unterschiedliche Färbung der Beschriftung möglich. Die Registernamen sind in deutscher Sprache angegeben. Das Carillon ist als Fußtritt rechts über der Pedalklaviatur angebracht; entsprechend links der Ripieno-Tritt. Der Rossigniol-Zug befindet sich rechts im unteren Teil des Spieltischgehäuses.