Die erste uns bekannte Orgel in der Kirche stammte aus der Werkstatt eines gewissen Jan Coolen. Sie wurde 1656 errichtet. Zehn Jahre später (1666) überholte sie der schottische Orgelbauer Robert Gordan, der zur gleichen Zeit in der benachbarten St.-Quirinius-Kathedrale beschäftigt war.

1754 baute Jean-Baptiste Le Picard (Liège) eine neue Orgel mit 13 Registern auf einem Manual, die 1805 an die Pfarrkirche Beek en Donk in den Niederlanden verkauft wurde. Zur gleichen Zeit erwarb die Gemeinde die alte Orgel der Franziskaner in Hasselt. Sie hatte zwei Manuale und war 1789 gebaut worden. Der Orgelbauer Pieter-Adam van Dinter (Sint-Truiden) überholte diese Orgel 1852 und baute sie um (Versetzung des Unterpositivs, Erneuerung von Windladen, Mechanik, Klaviaturen und Bälgen sowie Dispositionsänderungen). Durch Theodoor Ruef (Sint-Truiden) erhielt die Orgel 1895 neue Klaviaturen und ein selbständiges Pedal mit zwei Registern. Das zweite Manual wurde mit Schwelltüren versehen, und wiederum veränderte er die Disposition. Diese Orgel ging im Zweiten Weltkrieg durch den Bombenangriff 1944 unter.

Nachdem die Kirche wieder aufgebaut war, bekam sie 1952 eine Orgel, die vermutlich von Arnold Clérinx (Sint-Truiden) um 1860 für einen unbekannten Ort erbaut worden war. 1901 war diese Orgel von dem Klavierhändler Louis Anthonis (Antwerpen) für 10.000 Franken an die Königliche Zoologische Gesellschaft in Antwerpen verkauft worden. Der Orgelbauer Émile Kerkhoff (Laken) stellte sie in dem dortigen Königin-Elisabeth-Saal auf und veränderte sie dabei erheblich. Er lieferte einen freistehenden Spieltisch, der mit pneumatischer Traktur die mechanischen Windladen bediente. Das zweite Manual wurde zum Schwellwerk umgebaut.

Die Kirchengemeinde Hasselt erwarb die Orgel im Jahr 1952, als sie schon für längere Zeit bei dem Orgelbauer Jules Geurts (Berchem) eingelagert war. Aloïs Thunus aus Malmédy stellte das Instrument in Hasselt auf. Dabei veränderte er das Instrument wiederum erheblich: Die Traktur wurde elektrifiziert und ein neuer elektrischer Spieltisch angeschlossen, die Disposition erfuhr einige Änderungen und das Pedal bekam eine neue Windlade mit Extensionen.

1967 wurde die Orgel durch Thunus überholt. Danach wurden die Schäden an der Orgel immer größer und zuletzt irreparabel, so dass eine Lösung herbeigeführt werden musste. Die Orgelbauwerkstatt Filip Nijs & Zonen aus Nieuwekerken bekam den Auftrag zur Restaurierung bzw. Rekonstruktion des Werkes. Dabei wurde versucht, so viel wie möglich des ursprünglichen Zustandes wiederherzustellen. Neben den noch vorhandenen originalen Pfeifen von Clerinx wurden auch Clerinx-Pfeifen von 1872 aus der Rettler-Orgel der Franziskanerkirche Sint-Truiden verwendet. Weitere Pfeifen stammen aus der Vereecken-Orgel (1903) in Berlare (Ost-Flandern) und von dem Umbau Kerkhoffs 1901. Ein paar ältere Pfeifen unbekannter Herkunft wurden verwendet und z. T. durch neue Pfeifen ergänzt. 2003 waren die Arbeiten abgeschlossen. Die Orgel hat nun wieder komplett mechanische Trakturen und eine in die Gehäusefront eingebaute Spielanlage.

Die Registerzüge befinden sich an beiden Seiten des Notenpultes. Durch ein eigens von Clerinx entwickeltes Transmissionssystem sind sechs Register gleichzeitig auf beiden Manualen spielbar. Diese sind mit gelben Zugköpfen am Spieltisch versehen. Koppeln und Tremulant werden über Hakentritte eingeschaltet. Es gibt keine Manualkoppel.