Die ersten Verhandlungen über den Orgelbau in der neuen Kirche in Hemer wurden mit dem Orgelbauer Andreas Schweimb aus Einbeck geführt. Er hatte 1697/98 auch die Orgel in St. Kilian im nahegelegenen Letmathe gebaut. Als Andreas Schweimb am 31. Januar 1701 mit 47 Jahren plötzlich starb, übernahm sein Meistergeselle Johann Jacob John die Werkstatt und vollendete das Orgelwerk, nachdem 1701 ein erneuter Orgelkontrakt zwischen dem Stifter Jobst Edmund von Brabeck und John geschlossen worden war. Einen Großteil der Arbeiten für Hemer übernahmen die Gesellen Johns, vermutlich Andreas und Bernhard Reinecke. Ende 1702 war das Instrument mit 22 Registern auf einem Manual (CDDis-e³) und Pedal (CDDis-e¹) fertiggestellt.

Der Orgelbauer Johann Henrich Kleine (Eckenhagen) hatte die Orgel von 1728 bis 1764 regelmäßig in Pflege. Nachdem die Orgel über die Jahre unter ungünstigen klimatischen Einflüssen, Tieren und Holzwurmbefall zu leiden hatte, führte Wilhelm Kramer (Dülmen) 1850 einen größeren Umbau durch. Dabei baute er neue Windladen und teilte das Pfeifenwerk – ergänzt durch Bordun 16’ und Flauto traverso 4’ – auf zwei Manualwerke auf. Die Pedaldis¬position reduzierte er von acht auf fünf Register.

Im 20. Jahrhundert sind mehrere Arbeiten an dem Instrument zu nennen: Reparatur und Einbau eines elektrischen Orgelgebläses 1904 durch Gebr. Stockmann (Werl). 1917 Ablieferung der Prospektpfeifen zu Kriegszwecken, sie wurden 1934 durch Stegerhoff (Paderborn) ersetzt, wobei er auch drei weitere Register erneuerte. Nachdem Orgelbaumeister Werner Bosch (Kassel) die Orgel 1950 gereinigt und substanzerhaltende Maßnahmen durchgeführt hatte, führte er 1955 eine durchgreifende Restaurierung durch, bei der allerdings – heutigen denkmalpflegerischen Ansprüchen nicht genügend – neue Pfeifen und neue Spieltrakturen verwendet wurden. Das Orgelgehäuse wurde 1958 renoviert, dabei wurden auch die ursprünglichen Farben aus der Erbauerzeit wieder freigelegt.

Aus Schutz vor der anstehenden Kirchenreno¬vierung wurde die Orgel 1981 durch den Siege-ner Orgelbauer Hans-Peter Mebold abgebaut und im benachbarten Haus Hemer ausgelagert. Daraufhin führte die Orgelbauwerkstatt Siegfried Sauer (Höxter-Ottbergen) 1983 die Restaurierung der Orgel durch. Dabei ermöglichte eine Zusatzlade die Ergänzung der 1850 weggefallenen Pedalregister. Die Manualdisposition wurde in Anlehnung an die Originaldisposition Johns wiederhergestellt, allerdings weiterhin auf die zwei Manuale verteilt. Seit 1995 besteht ein Pflegevertrag mit dem Orgelbauer Hans Peter Mebold (Siegen-Breitenbach).

Die Spielanlage ist in die rechte Seite der Orgel eingebaut. Links neben dem Notenpult sind die Züge für die beiden Tremulanten und den noch nicht eingebauten Cymbelstern angebracht. Die Registerzüge liegen in zwei Reihen über dem Notenpult. Die Koppeln werden über Hakentritte links über der Pedalklaviatur bedient.

Die Trakturen sind mechanisch, die Windladen von 1850 als Schleifladen gebaut.