In der ersten Marienkirche stand seit 1905 ein Orgelneubau aus der Piano-Fabrik Thein. In der Festschrift zur Einweihung des Nachfolgeinstruments wurde berichtet, dass Thein „nur“ als Zwischenhändler diente und das vollpneumatische Orgel-werk von Furtwängler & Hammer stammen könnte. Diese Orgel hatte 15 Register bei zwei Manualwerken und Pedal.

Bei dem genannten Nachfolgeinstrument handelte es sich um eine 35-Register-Orgel aus der Werkstatt Johannes Klais (Bonn) aus dem Jahr 1941. Von Dauer war dieses Instrument jedoch nicht. 1943 wurde es wegen der sich verstärkenden Bombardierung Bremens nach Thuine „evakuiert“ und mit der Zerstörung der Kirche am 18. August 1944 fand das Kapitel „Orgel“ an St. Marien zunächst ein Ende.

Nach dem Krieg stellte Alfred Führer (Wilhelmshaven) 1954 in der kurz zuvor geweihten neuen Marienkirche zunächst ein vier-registriges Positiv auf, dass dann 1960 durch die heutige Orgel ersetzt wurde. Jenes Instrument ist eines der ersten „Großinstrumente“ in Bremen, die wieder vollmechanisch gebaut waren. Die 37 Register verteilen sich auf Pedal, Hauptwerk, Rückpositiv und Brustwerk und sind bei Bedarf auch ohne Motor per Kalkant zu spielen. Disposition und Mensurierung gehen auf Ludwig Pirot (Regensburg) zurück. Bei einer Renovierung und Umintonation durch Martin Cladders (Badbergen) im Jahr 2004 wurde dem Waller Instrument sein schreiender, spitzer Neobarockklang genommen.

Die Spielanlage ist in den Orgelfuß unterhalb des Brustwerkes eingebaut, das seit 2004 mit Schwelljalouisen versehen ist. Die Registerzüge für Pedal- und Hauptwerk befinden sich zur linken, für Brustwerk und Rückpositiv zur rechten. Die Koppeln sind als Hakentritte gebaut. Bei getretenen Manualkoppeln sind die Pedalkoppeln durchkoppelnd.